정부 출연 연구기관들이 2014년 부가가치세법 시행령 개정으로 과세사업자로 전환된 이후에 지금까지 740억 원의 부가세를 납부한 것으로 드러났다.
이종걸 의원(경기 안양만안)이 25개 정부 출연연구기관에게 제출받아 분석한 자료에 따르면 정부 출연연기관들은 2014년 이후로 부가세를 납부하기 시작해서 5년간 12,742개 과제에 대해 742억 6천여 만원의 부가세를 납부했다. 가장 많이 납부한 연구기관은 건설연구원으로 5년간 197억원을 납부했다. 그 외 원자력연구원은 73억, 기계연구원은 59억, 표준연구원은 58억원, 안전연구원은 54억원을 납부했다.
정부출연연기관들은 부가세법 시행령 개정 전인 2014년 이전에는 수행하는 업무의 특수성을 인정받아 면세사업자로 분류되어 부가세 납부대상이 아니었다. 국세청의 판단에 따라 면세사업자 분류의 근거가 되던 부가세법 시행령 조항이 일몰하게 되면서 2014년 이후 과세사업자로 전환되어 부가세법을 납부하게 되었다.
<기관별/연차별 부가세 현황>
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| 2014 | 2015 | 2016 | 2017 | 2018 | 총계 |
| KIST | 13 | 179,135 | 287,939 | 260,052 | 276,547 | 1,003,686 |
| GTC | - | - | - | 5,700 | 20,259 | 25,959 |
| 기초연 | 47,009 | 161,155 | 174,185 | 131,059 | 113,753 | 627,161 |
| 핵융합 | - | 48,639 | 18,547 | 15,399 | 24,296 | 106,881 |
| 천문연 | - | - | 106,635 | 61,673 | 4,545 | 172,853 |
| 생명연 | 18,727 | 74,699 | 75,214 | 175,920 | 234,826 | 579,386 |
| KISTI | - | 15,608 | 253,971 | 344,810 | 455,804 | 1,070,193 |
| 한의학 | 213,618 | 158,518 | 206,123 | 208,766 | 209,600 | 996,625 |
| 생기연 | 21,337 | 436,740 | 431,042 | 547,653 | 572,066 | 2,008,838 |
| ETRI | - | 469,216 | 601,541 | 849,319 | 1,023,753 | 2,943,829 |
| 국보연 | - | 356,684 | 284,754 | 202,603 | 101,561 | 945,602 |
| 건설연 | 5,144,850 | 3,276,285 | 3,970,592 | 3,243,185 | 4,068,552 | 19,703,464 |
| 철도연 | 509,783 | 702,763 | 604,398 | 657,282 | 574,335 | 3,048,561 |
| 표준연 | 532,909 | 1,671,331 | 895,447 | 1,028,001 | 1,708,130 | 5,835,818 |
| 식품연 | - | - | 434,595 | 437,437 | 424,709 | 1,296,741 |
| 김치연 | - | - | 29,338 | 88,218 | 78,174 | 195,730 |
| 지자연 | 407,457 | 277,119 | 366,990 | 695,730 | 295,864 | 2,043,160 |
| 기계연 | 183,915 | 862,301 | 1,625,113 | 1,745,761 | 1,485,486 | 5,902,576 |
| 재료연 | - | 255,119 | 791,786 | 814,636 | 1,051,582 | 2,913,123 |
| 항우연 | 504,029 | 488,165 | 971,194 | 1,160,646 | 206,686 | 3,330,720 |
| 에너지 | 157,835 | 121,770 | 121,770 | 197,241 | 175,231 | 773,847 |
| 전기연 | - | 365,150 | 543,123 | 1,436,396 | 445,997 | 2,790,666 |
| 화학연 | 20,150 | 508,634 | 775,581 | 809,559 | 966,162 | 3,080,086 |
| 안전연 | - | 723,285 | 1,305,559 | 1,601,981 | 1,854,434 | 5,485,259 |
| 원자력 | 1,233,427 | 1,384,867 | 1,118,666 | 1,495,683 | 2,150,916 | 7,383,559 |
국회 과학기술방송통신위원회 이종걸 의원에 따르면, 각 정부출연연구기관에서는 과세사업자 전환 이후 부가세 면세 기준은 주관적이고 모호한 측면이 있고, 면세 대상 용역임을 각 연구책임자가 직접 입증해야 하는 문제점을 호소하고 있다, 각 과제의 연구책임자들은 면세 과제로 진행한 후에 입증하지 못하면 과태료 등의 불이익을 당할 수 있기 때문에 명백한 면세 대상인 정부 발주 사업 외에 공공(지자체 포함) 및 민간수탁 과제사업은 부가세 과세 대상인 것을 전제로 사업을 진행해왔다.
또한 이 의원은“부가세의 연구용역 면세 판단기준을 객관적인 지표로 명확하게 할 필요가 있고 더 나아가 국가연구개발 사업의 고유 임무에 충실할 수 있도록 정부출연연구기관의 전 연구용역에 대하 면세를 검토해 볼 필요가 있다”고 밝혔다.